Legenda o smoku wawelskim została zapisana po raz pierwszy na przełomie XII i XIII w. przez Wincentego Kadłubka. Król Krak (zwany przez Kadłubka Grakchusem) wezwał do siebie swoich dwóch synów i polecił im zabić smoka (nazywanego tutaj olofagiem, co oznacza całożercę). Mieli tym samym dowieść swojej odwagi i udowodnić, że mogą ubiegać się o tron królewski.
Synowie początkowo próbowali zmierzyć się z potworem, ale po nieudanych próbach uciekli się do podstępu. Podrzucili bydlę wypełnione siarką, a gdy smok rzucił się na nie z właściwą mu chciwością, zginął od płomieni rozszerzających się w jego wnętrzu.
Wtedy młodszy brat, chcąc pozbyć się konkurencji walczącej z nim o tron, zabił starszego brata i wrócił do ojca z wiadomością, że tamten zginął w walce ze smokiem. Zbrodnia wyszła dopiero po jakimś czasie, dlatego młodszy syn króla nie mógł zacząć rządzić królestwem. Kadłubek chciał wyjaśnić, dlaczego po królu Kraku na tronie zasiadła córka Wanda, a nie jeden z jego synów. W tej wersji legendy smok zamieszkuje czeluście pewnej skały, nazwa Wawelu jeszcze się nie pojawia.
Zdaniem kronikarza Kraków został założony dopiero po śmierci Kraka, w celu upamiętnienia jego imienia. Miasto założono na skale smoka, a zdaniem niektórych nazwa wzięła się od krakania kruków, które zleciały się tam do ścierwa potwora. Tę pierwszą wersję spisaną przez Kadłubka podjęli później inni pisarze i kronikarze.
W XIII i XIV w. w Kronice polsko-śląskiej bezimienny franciszkanin przytoczył tę samą legendę, wzbogacając ją konkluzją, że smok został zabity tak jak Daniel, który zabił smoka babilońskiego. Jest to aluzja do opowiadania ze Starego Testamentu o proroku Danielu i smoku babilońskim. Według tej historii prorok zabił smoka babilońskiego na rozkaz Cyrusa Wielkiego. Franciszkanin jako pierwszy zauważył podobieństwo polskiej legendy do podań wschodnich.
Poniżej fragment o zabiciu smoka babilońskiego przez Daniela w przekładzie jezuity Jakuba Wujka z 1599 r., niżej dla porównania zapis cyfrowy:
Zmienioną wersję legendy Kadłubka przytacza Jan Długosz w Historii polskiej. Uważa on, że Kraków został zbudowany jeszcze przez samego Kraka (nazywa go Grakiem). Miasto było, co jakiś czas atakowane przez smoka mieszkającego w jaskini wzgórza wawelskiego. Początkowo, żeby żyć w lepszej komitywie z gadem, podawano mu codziennie trzy bydlęta. Krak jednak obawiał się, że po jego śmierci miasto zostanie zniszczone przez pazernego sąsiada i postanowił pokonać go znanym już podstępem z użyciem siarki. W tej wersji pogromcą smoka jest sam król Krak.
W połowie XVI w. legenda o smoku wawelskim była znana również poza Polską, o czym świadczy streszczenie tej historii w Kosmografii Sebastiana Munstera. W opisie znalazł się pierwszy, rzekomo wiarygodny, obraz smoka na tle Wawelu i Smoczej Jamy. Wysokie wzgórza po prawej stronie mogą przedstawiać Krzemionki i Górę Lasoty (bez Kopca Krakusa). Munster w swoim streszczeniu również podkreśla podobieństwo legendy o smoku wawelskim do opowieści biblijnej o proroku Danielu, który zabił smoka babilońskiego.
Większość kronikarzy opierała się na wersji Kadłubka, mówiącej o tym, że smoka zabili synowie Kraka. Zmiany w legendzie pojawiły się w XVI w., kiedy po pierwszy w zapisie znalazł się szewczyk Skuba, który miał wymyślić sposób zabicia smoka. Joachim Bielski napisał w Kronice, że smoka zgładził król Krak, ale pomysłodawcą wypchania cielaka siarką był Skuba (poniżej tekst oryginalny, a pod spodem zapis cyfrowy dla mniej cierpliwych):
Historycy wskazują również na podobieństwo legendy o smoku wawelskim do wschodniej wersji Romansu o Aleksandrze (zbiory legend dotyczące Aleksandra Wielkiego). Zapis utrzymuje, że pomysł z fortelem otrucia gada został zastosowany przez samego Aleksandra Wielkiego.
Na tej opowieści mógł wzorować się Kadłubek. W legendzie o Aleksandrze mieszkańcy (podobnie jak w wersji polskiego kronikarza) przynoszą smokowi codziennie woły. Jeśli gad ich nie dostanie, a stanie się głodny, porywa ludzi. Smok zjada swoją zdobycz w całości, jednym haustem – Kadłubek nazywa go olofagiem (całożercą). To wyjaśnia, dlaczego potwór pożarł całą owcę wraz z siarką od razu.
Legenda wschodnia jest nieco logiczniejsza niż wersja Kadłubka, ponieważ wyjaśnia, że zaraz po podaniu zwierzęcia wypchanego siarką, do smoka zaczęto strzelać rozpalonymi kulami, które zapaliły siarkę. Istnieje możliwość, że motyw legendy o Aleksandrze Wielkim dotarł do Kadłubka w formie opowiadania ustnego np. przez Bizancjum, albo od polskich pielgrzymów, którzy odwiedzili Ziemię Świętą. Kadłubek wykształcenie zdobywał przed 1189 r. we Francji i we Włoszech i również tutaj mógł zasłyszeć, albo przeczytać legendę o Aleksandrze i smoku, a później stworzyć z niej krakowską wersję.
